בשבעה באוקטובר, כשהמשפחה הייתה בחופשה בחו"ל, יונתן לא היסס לרגע. בעוד המדינה כולה בהלם, הוא כבר הריץ הודעות לחברים: "טוב מי נכנס? מי הראשון? וכולם לא עונים אז הוא אומר 'טוב אני נכנס. מי בא?'." ביום רביעי באותו שבוע הוא כבר היה על המטוס בדרך למילואים. הוא נפל בח'אן יונס במהלך התמרון הקרקעי.